Boas,
esse tipo de desconforto, terá naturalmente a ver com algum mau ajuste.... e sim, a altura do selim, pode provocar dor num joelho, e no outro não (tinha precisamente o mesmo stress, localizado no mesmo sítio), mais quando pedalava na fininha (estrada). Após vários stress, mais em voltas maiores, com acumulado acentuado. Farto disto, resolvi fazer um bike fit (bem dita a hora). Baixei, e recuei o selim, para já, stress OFF. Ainda não testei em voltas longas/DURAS (fui aconselhado a pedalar, para já, soft, até habituar o corpo à nova posição). Fiquei com uma pedalada mais "redonda"..... pedalava muito "na vertical". Depois, para ajudar à festa, tenho a parte muscular da perna direita ligeiramente mais frágil. Pode também ser o teu caso.
Das ultimas voltas noto que a dor é pior quanto mais rolante for a volta. Já dei uns ajustes na posição dos cleats e na altura do selim. Mas a dor lá aparece, menos agressiva mas aparece.
O bike fit parece-me uma boa ideia, mas como estou decidido a comprar uma bike nova faço-o quando a tiver.