Boas.
A mim nunca me aconteceu tal coisa, mas também não tenho muitos tracks no gps!
Quanto às conversões dos tracks, notei diferenças em converter no gpsies e no tcx converter, ficando o tcx converter claramente mais bem visto, outra qualidade.
Portanto, o conversor que utilizas também poderá ter influência, creio eu!
Mesmo quando saco tracks do gpsies, a ultima passagem é sempre pelo tcx converter, sempre!