podes ter os encaixes mal afinados.... tens que afinar tendo em atenção a tua posição normal de pedalar.... existem por aí videos na web a explicar como fazer isso...
encaixes mal afinados?
as poucas vezes que andei sem pedais de encaixe, nunca senti as dores nos joelhos, pelo julgo que se deve aos pedais de encaixe, ou então uma coincidência....