Acho que há confusão nos termos usados:
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Faixa de rodagem: parte da via pública especialmente destinada ao trânsito de veículos
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Via de trânsito: zona longitudinal da faixa de rodagem, destinada à circulação de uma única fila de veículos
Por exemplo:
Uma Faixa de Rodagem e uma Via de Trânsito em cada sentido.
Uma Faixa de Rodagem com duas Vias de Trânsito em cada sentido
Isto é, quando se diz que
"Os condutores de velocípedes devem transitar pelo lado direito da via de trânsito, conservando das bermas ou passeios uma distância suficiente que permita evitar acidentes." isto significa que nos devemos manter do lado direito da via em que circulamos (não da faixa mas apenas da nossa via). Até podemos ter o punho esquerdo a 1mm do centro da nossa via (virtualmente no meio) mas teremos sempre que estar do lado direito.
A diferença para a antiga regra do código é que nesse dizia que tínhamos que ir o mais próximo possível da berma mantendo uma distância de segurança. Agora já não somos obrigados a circular junto à berma mas temos que nos conservar na metade direita.
Penso que o Baba tem um ponto de vista válido quando afirma que dois ciclistas lado a lado dificilmente respeitarão a regra de ocuparmos apenas a metade direita da nossa via de trânsito. Excepto em estradas anormalmente largas em que a nossa via tenha, digamos 3 metros, e dois ciclistas lado a lado consigam ocupar menos de 1,5m dessa via. Não tinha pensado nisso mas faz algum sentido.
As duas normas fazem pouco sentido quando comparadas uma com a outra pois a nº2 que nos permite circular a par torna-se virtualmente impossível de cumprir de acordo com a 3º. Se houver problema vai tudo depender do lado que o policia ou o juiz tiverem dormido nessa noite.